La hidrografía es muy rica y variada. A lo largo y ancho de sus ríos y mar, logra crear un ecosistema lleno de peces, cangrejos, camarones, etc., que se aprovechan en las labores culinarias y comerciales.
El sistema hidrográfico de Córdoba está conformado por el valle del Sinú, que abarca 1.207.000 hectáreas, y recoge los afluentes del sur del departamento; la zona del valle del San Jorge, que abarca 965.000 hectáreas en el sureste del departamento, y canaliza las aguas de la Ciénaga de Ayapel hacia la depresión momposina; y la zona de los ríos Canalete y Mangle, ubicada al noroeste del departamento.6 En todo el departamento hay 846 km de ríos principales y más del doble de afluentes y otros cauces. Existen también 110.000 hectáreas de ciénagas y una apreciable cantidad de aguas subterráneas -que según la Corporación Autónoma Regional de los Valles del Sinú y San Jorge, CVS- no cuantificadas en su totalidad.
Los principales ríos, el Sinú y el San Jorge, nacen en el Nudo de Paramillo, y corren paralelamente en sus primeros tramos, separados únicamente por la serranía de San Jerónimo.